肛瘺的診斷檢查方法有多種。

觸診：低位肛瘺之瘺管，在皮下可以摸到繩狀硬條，由外口行向肛門，用指按壓，有膿液由外口流出。

望診：可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。周圍皮膚因膿液刺激，常有脫皮發(fā)紅，有時有肉芽組織由外口內(nèi)突出。周圍皮膚紅紫色，多為結(jié)核性瘺管。

直腸指檢：常在肛管后側(cè)、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結(jié)，有輕微壓痛，即是原發(fā)內(nèi)口。

確定內(nèi)口位置：可以采用病理檢查和細菌培養(yǎng)、從病史上判斷內(nèi)口的位置、碘油造影、肛門鏡檢查、根據(jù)外口與肛門的距離來判斷內(nèi)口的部位、染色檢查、通過探針檢查及通過觸診可以幫助了解內(nèi)口的位置等方法。