首先，乙肝病毒有兩層衣殼，外衣殼以及內(nèi)衣殼，是具有很多種原抗體屬的。在病毒的外衣殼上，有表面抗原HBsAg和前S1抗原、前S2抗原。在內(nèi)衣殼有核心抗原HBcAg和e抗原HbeAg。各種抗體原屬都有很強的“毒性”，能引進多種類型對人身造成的傷害。但唯一只有表面才能抗體(抗HBs)。

其次，乙肝病毒的表面抗原能刺激抑制T細胞Ts增殖，增殖的Ts使B細胞不能成熟為抗體。使唯一能清除乙肝病毒的表面抗體(抗HBs)始終不能產(chǎn)生，即抗HBs陰性。這就是乙肝表面抗原使機體產(chǎn)生的免疫耐受。免疫耐受的結(jié)果使自身免疫系統(tǒng)處在對乙肝病毒無特異性應(yīng)答狀態(tài)，T細胞不能和成特異抗體HbsAb，你能清除血液中的乙肝病毒。導(dǎo)致乙肝病毒能不受障礙地長期重復(fù)感染、復(fù)制、釋放、再感染、再復(fù)制的病理過程。長期形成病毒血癥，這也就是乙肝難以治愈的原因之一

第三，乙肝病毒血癥同樣也能引起機體的免疫反應(yīng)。但因病毒抗原的多樣性和個體免疫力的差異，使乙肝患者的身體反映也呈多樣性。當(dāng)免疫力正常時，乙肝病毒能在病毒血癥期被阻斷感染，或形成隱性感染，最終病毒被清除。當(dāng)免疫力低下或免疫耐受時，對乙肝病毒致敏的免疫球蛋白在數(shù)量上和功能上都不足以完全清除病毒。因此，肝細胞損害持續(xù)存在，成為慢性持續(xù)性肝炎或慢性活動性肝炎，以致帶病終生。

第四，部分乙肝患者，由于長期受病毒刺激致使乙肝病毒的基因整合于肝細胞的DNA中，引起肝細胞突變發(fā)展成為原發(fā)性肝細胞癌。