生殖道皰疹短暫的臨床病程可以幫助醫(yī)務人員將皰疹與外陰的絕大部分其他囊泡潰瘍型疾病區(qū)別開來。帶狀皰疹較少與生殖道皰疹混淆，因為帶狀皰疹呈單向(帶狀)分布，不會在同一部位復發(fā)，病程較長，病灶較大，且病變更為頑固。因此，區(qū)分二者很少需要實驗室檢查的確證。然而，明確診斷卻需要病毒培養(yǎng)。如果病毒培養(yǎng)陰性，就應進行PCR試驗，以便確認引發(fā)感染的特異性病毒.

生殖道皰疹有可能與梅毒的多發(fā)性下疳、軟下疳、Beh9et綜合征的病變以及牛痘相混淆。在過去，生殖道皰疹感染經(jīng)常被診斷為軟下疳。念珠菌病等任何原因造成的抓傷也有可能被認為是生殖道皰疹。

皰疹病毒擁有獨到的既能引發(fā)有癥狀的感染又能潛伏存活的能力。潛伏狀態(tài)的病毒寄生于感覺神經(jīng)節(jié)內(nèi)，這是一個限制機體免疫機制介入的部位。這極有可能就是機體即使已經(jīng)產(chǎn)生了皰疹病毒抗體仍無法排除病毒的原因所在。